Sct. Jørgens Kirkes historie kan spores helt tilbage til 1100-tallet, hvor spedalskheden hærgede overalt i Europa. Dengang isolerede man de spedalske udenfor byerne. Man byggede huse eller stiftelser, der blev kaldt Sct. Jørgensgårde efter de spedalskes værnehelgen, Sct. Jørgen. Der har været ca. 40 Sct. Jørgensgårde rundt om i landet

For Svendborgs vedkommende blev den indrettet sydvest for byen i den sydlige del af Sørup sogn, i det der nu er Sct. Jørgens-parken. Og da man ikke kunne lade de syge besøge byens kirker, var der til stiftelsen også knyttet en kirke eller et kapel, som Sct. Jørgens Kirke blev benævnt de første mange år.

Man regner med, at den allerførste trækirke på stedet ikke har målt mere end 5x7 meter.

I slutningen af 1200-tallet stod den første ung-gotiske stenkirke på stedet færdig. Den var bygget udenom den oprindelige kirke.

Allerede i slutningen af 1300-tallet blev den forlænget med et fag mod vest. På den tid hærgede den sorte død, så måske var kirken blevet for lille til hospitalets lemmer, måske ønskede man plads til flere altre.

I slutningen af middelalderen fik kirken endnu to udvidelser. Først blev en søndre korsarm føjet til kirken, og mod vest byggede man et svært tårn.

ca. 1150	Trækirken med stenkor
Den unggotiske kirke ca. 1300	Ca. 1350
Ca. 1500

Sidst i 1400-tallet var spedalskheden stort set udryddet. Derfor blev Sct. Jørgensgårdene ophævet ved Christian 3.s reces fra 1542. Men stiftelsen blev opretholdt som asyl for gamle og svagelige, der ikke havde familie at ty til. Kapellet blev også liggende og kom til at fungere som sognekirke for de nærmestboende bønder og fiskere.

Ved den seneste restaurering i 1960-65 har man søgt at give Sct Jørgens Kirke dens historie tilbage. Gulvet blev sænket, her fandt man spor af trækirken, og pudslaget fra 1878 blev fjernet, så murværket nu træder levende frem under kalken. Samtidigt blev de små rundbuede vinduer erstattet med høje, slanke vinduer, der minder om de oprindelige fra koret.